目标浓缩

为下一代测序丰富感兴趣的目标区域

对于研究人员来说,目标富集是一种成本效益高、效率高的方法,可以在NGS文库准备后捕获特定感兴趣的区域,并且与全基因组测序(WGS)相比具有许多优点。

目标富集可以集中测序资源,从而降低成本和简化分析。1与基因组中所有其他基因或区域相比,该技术增加了对目标区域DNA片段进行测序的可能性。因此,基因组的其余部分可以被忽略,从而简化了下游的生物信息学分析。它还提供了更大的测序深度,这有助于防止对测序数据的错误解释。此外,它提高了NGS从有限的样本量中检测变异的能力,并提高了灵敏度。由于这种测序深度和敏感性,靶点富集在癌症研究中的变异调用、识别疾病相关突变、单核苷酸变异(SNPs)和所有主要变异类别、单基因疾病和基因表达研究中是有价值的。

在测序之前,采用了几种策略用于序列捕获和丰富特定的感兴趣的基因组区域。最常用的方法是混合捕获富集和基于扩增子的富集。基于扩增子的富集使用短寡核苷酸引物和PCR扩增,而基于杂交的目标富集使用探针,特异性地与溶液或固体表面的目标区域杂交。

Roche的一项基于引物扩展的创新技术,提供了基于杂交的目标富集的优越性能,具有类似扩增子工作流的易用性和工作流速度。

罗氏测序解决方案提供基于杂交和引物扩展目标富集(PETE)的解决方案,这些解决方案是集成工作流程的一部分,包括高质量的探针或引物,以及精简的KAPA库准备试剂盒。这两种工作流程都可以将测序资源集中用于人类遗传疾病和癌症研究中的定向重测序应用。

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基于引物扩展的目标富集

通过KAPA HyperPETE目录和DNA和RNA工作流程定制面板,将您的效率提升到更高的水平。KAPA HyperPETE面板提供基于混合捕获的工作流程的高性能,具有类似放大器的工作流程的速度和简单性。基于罗氏著名的设计和内容专业知识,这些面板专门针对小尺寸设计进行了优化,并经过验证,可以检测所有主要的突变类型。

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基于杂交的目标富集

探索KAPA目标浓缩组合。KAPA HyperExome探针覆盖CCDS, RefSeq, Ensembl, GENCODE和ClinVar基因组数据库,有效的捕获目标大小为~43 Mb。我们的定制产品:KAPA HyperChoice Probes允许用户使用HyperDesign工具设计定制的人体探针,而KAPA HyperExplore Probes用于不太知名或复杂的定制设计。

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目标浓缩软件

罗氏为目标浓缩工作流程提供了几种软件解决方案。使用HyperDesign工具,我们的免费在线工具,为人类和非人类应用程序创建自定义设计。罗氏还提供NAVIFY突变调用,这是一种新的二次分析解决方案,用于罗氏NGS试剂验证的变体调用。

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  1. Kozarewa等人。Curr Protoc Mol Biol。, 2015年。目标富集策略概述。