全转录组测序提供了转录组的完整视图,包括未成熟和非编码rna。在这些工作流程中,重要的是在文库准备之前去除rRNA(最多占总RNA样本的95%),以尽量减少浪费的测序读取数量。这种方法是有效的降解RNA输入不适合mRNA捕获。酶的消耗也可以用来去除其他转录物,如珠蛋白mRNA和/或其他高度丰富的rna。
mRNA捕获测序用于分析真核生物样本中的编码转录本,使研究人员能够检测和量化相对表达水平。这个工作流程丰富了非聚腺苷酸化物种的mRNA,如核糖体、前体和非编码rna。
KAPA RNA HyperPrep Kits中采用的新化学方法允许更少更短的酶解步骤,减少了实际操作时间和整个文库准备时间。使用KAPA RiboErase (HMR)或KAPA RiboErase (HMR)珠蛋白试剂盒进行rRNA消耗将使整个工作流程时间增加约2.5小时,而mRNA捕获则增加约1.5小时。整个工作流程,从输入RNA到测序库,可以在一个标准工作日内轻松完成。所有KAPA RNA HyperPrep文库构建工作流程都是自动化友好的。
产品名称 | KAPA RNA HyperPrep试剂盒 | KAPA mRNA HyperPrep试剂盒 | KAPA RNA HyperPrep kit with RiboErase (HMR) | KAPA RNA HyperPrep kit with RiboErase (HMR) Globin |
库准备时间 | 4个小时 | 5.5小时 | 6.5小时 | 6.5小时 |
样本输入金额 | 1-100纳克到图书馆准备中 | 50 ng - 1µg用于mRNA捕获 | 25 ng - 1µg进入rRNA耗尽 | 25 ng - 1µg进入rRNA耗尽 |
样本类型 | 高质量总RNA 降解或FFPE总RNA Poly(A)选择和/或耗尽的RNA |
高质量总RNA | 高质量总RNA 降解或FFPE总RNA |
高质量总RNA 降解或FFPE总RNA 全血总RNA |
物种 | 真核生物(动物、植物等) 原核生物(细菌等) 病毒 |
真核生物(动物、植物等) | 人类,老鼠和大鼠 其他物种可以通过自定义的rRNA消耗来支持 |
人类,老鼠和大鼠 其他物种可以通过自定义的rRNA消耗来支持 |
困RNA-sequencing | 是的 | 是的 | 是的 | 是的 |
放大 | 兼容低偏置放大 |
兼容低偏置放大 |
兼容低偏置放大 |
兼容低偏置放大 |
反应净化 | KAPA纯珠包括 | KAPA纯珠包括 | KAPA纯珠包括 | KAPA纯珠包括 |
多路复用 | 是的。KAPA适配器不提供,但可单独提供 | 是的。KAPA适配器不提供,但可单独提供 | 是的。KAPA适配器不提供,但可单独提供 | 是的。KAPA适配器不提供,但可单独提供 |
应用程序 | Whole-transcriptome测序 基因表达与靶富集 剪接连接和基因融合与目标富集 |
基因表达 注释 剪接连接和基因融合 |
Whole-transcriptome 长非编码RNA注释 基因表达 剪接连接和基因融合 |
Whole-transcriptome 长非编码RNA注释 基因表达 剪接连接和基因融合 |
自动化友好 | 是的。演示和验证 许多液体处理系统。 了解更多 |
是的。演示和验证 许多液体处理系统。 了解更多 |
是的。在许多地方进行了演示和验证 液体处理系统。 了解更多 |
是的。在许多地方进行了演示和验证 液体处理系统。 了解更多 |
Genialis™数据分析和可视化解决方案 | 是的 了解更多 |
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KAPA RiboDesigner自定义rRNA损耗支持 | N/A | N/A | 是的 了解更多 |
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兼容的测序平台 | Illumina公司测序 | Illumina公司测序 | Illumina公司测序 | Illumina公司测序 |
存储的信息 | 酶和缓冲液可在-20°C保存长达10个月 KAPA纯珠可在4°C保存长达10个月 |
酶和缓冲液可在-20°C保存长达10个月 KAPA纯珠可在4°C保存长达10个月 |
酶和缓冲液可在-20°C保存长达10个月 KAPA纯珠可在4°C保存长达10个月 |
酶和缓冲液可在-20°C保存长达10个月 KAPA纯珠可在4°C保存长达10个月 |