KAPA HyperPETE

P扩孔器ExtensionTargetEnrichment

一位女科学家在DNA链前。

混合捕获目标富集的性能与速度和简单的扩增子工作流程

KAPA HyperPETE (P扩孔器ExtensionTargetENrichment)是一种新型的杂交捕获技术,旨在利用引物延伸反应特异性地捕获和释放目标文库分子进行测序。

这种目标富集技术保留了传统杂交的性能,同时实现了更有效的工作流程。它是专门设计的为小设计尺寸优化而且经过验证,可以检测所有主要的体细胞变异cfDNA, FFPE和RNA样本中,包括SNVs,短indedels, CNVs, MSI和融合转录本(新的和已知的)并且特别适合小面板肿瘤研究应用。

KAPA HyperPETE产品组合包括现成的固定设计面板,用于遗传肿瘤学、肿瘤学热点、泛癌变体(带有MSI模块)和肺癌融合变体。此外,定制面板可以使用HyperDesign设计,我们易于使用的在线设计工具。

通过高效的、单天的、自动化的工作流程节省宝贵的时间

  • 与典型的杂交捕获相比,总工作流程时间减少了数小时,时间需求类似于锚定复用方法(图1)
  • 与扩增子技术相比,每个样品更少的管对长连续区域进行富集

图1。KAPA HyperPETE靶浓缩的周转时间(TAT)与基于扩增子的工作流程的周转时间(TAT)相似。

(一)大多数基于杂交的工作流程需要两天才能完成,而KAPA HyperPETE工作流程可以在一天内完成。(B)KAPA HyperPETE的各种应用的TAT差异取决于所使用的库制备试剂盒,因为每个试剂盒所需的完成时间略有不同。但是,一旦创建了库,整个应用程序的充实工作流程是相同的。

实现卓越的性能和覆盖均匀性

  • 与锚定的多重PCR相比,获得更均匀的覆盖(图2)
  • 避免基于pcr的目标区域代表过多或不足;KAPA HyperPETE技术使用引物来捕获感兴趣的区域,而不是放大它们,大大减少了扩增偏倚
  • 通过消除从测序数据中删除引物结合位点序列的需要,简化生物信息学管道,提高测序效率

从困难的样本类型中发现关键的基因组信息

组织RNA (FFPET)

  • 从广泛的FFPET RNA输入量中实现高度特异性富集(图3)
  • 检测参考细胞系样本中存在的所有融合(表1)

等离子体cfDNA

  • 在一定的cfDNA输入量范围内,实现高目标读取百分比和高外显子覆盖率(≥1000X)(图4)
  • 从血浆输入cfDNA量的范围内,以高灵敏度检测变异(表2)

表3。与KAPA HyperPETE兼容的其他样品类型概述

KAPA HyperPETE面板 FFPET 等离子体cfDNA 人类细胞系gDNA 高质量的人类gDNA 高质量的人RNA
DNA 核糖核酸 新鲜的组织 新鲜的组织
KAPA HyperPETE选择/探索
KAPA HyperPETE选择/探索RNA
KAPA HyperPETE泛癌症小组
KAPA HyperPETE热点面板
KAPA HyperPETE遗传肿瘤小组
KAPA HyperPETE肺癌融合小组

KAPA HyperPETE目录面板

利用KAPA HyperPETE固定设计面板超过十年的探头设计经验。当订购时,这些现成的设计将在下一个工作日交付。

联系我们要求面板基因表,数据数据原理证明,或设计文件。

KAPA HyperPETE泛癌症小组是一个302 Kb的捕获目标面板,涵盖1324个靶区,86个癌症相关基因和190个与体细胞肿瘤研究应用相关的MSI位点。该面板经过优化,可以从低质量、低数量的FFPET DNA和cfDNA样本中提供高均匀性和特异性。

KAPA HyperPETE热点面板是一个40 Kb的捕获靶点面板,涵盖了来自人类癌症基因中经常突变的基因组“热点”区域的37个靶点。它经过优化,可从低质量、低数量的FFPET DNA和cfDNA样本中提供高均匀性和特异性。

KAPA HyperPETE遗传肿瘤小组是一个200 Kb的捕获目标面板,专注于遗传性乳腺癌和卵巢癌的研究(包括乳腺癌易感基因1而且BRCA2)以及遗传性结直肠癌的研究。它涵盖了这些癌症类型中的47个相关基因,并已经过优化,可在种系变异研究中提供高均匀性和特异性,具有8个样本的预捕获多路复用能力。

KAPA HyperPETE肺癌融合小组是一个18 Kb的捕获目标面板,也使用新的KAPA HyperPETE技术来检测已知的融合和未知的融合伙伴,包括17个肺癌融合基因和4个管家基因(作为内部对照)。

该设计和分析(由NAVIFY®Mutation Caller支持)涵盖了融合,但该设计还通过替代分析解决方案涵盖了捕获区域附近的其他变体。

KAPA HyperPETE定制面板(人)

使用HyperDesign这是一种用户友好的在线工具,基于20年的硅设计经验,选择探针面板,实现更深、更均匀的下游测序覆盖,测序读数更少,甚至跨越难以捕获的区域。

KAPA HyperPETE精选 由客户使用HyperDesign
KAPA HyperPETE探索 由罗氏专家设计服务设计