KAPA HyperPETE (P扩孔器ExtensionTargetENrichment)是一种新型的杂交捕获技术,旨在利用引物延伸反应特异性地捕获和释放目标文库分子进行测序。
这种目标富集技术保留了传统杂交的性能,同时实现了更有效的工作流程。它是专门设计的为小设计尺寸优化而且经过验证,可以检测所有主要的体细胞变异cfDNA, FFPE和RNA样本中,包括SNVs,短indedels, CNVs, MSI和融合转录本(新的和已知的)并且特别适合小面板肿瘤研究应用。
KAPA HyperPETE产品组合包括现成的固定设计面板,用于遗传肿瘤学、肿瘤学热点、泛癌变体(带有MSI模块)和肺癌融合变体。此外,定制面板可以使用HyperDesign设计,我们易于使用的在线设计工具。
图1。KAPA HyperPETE靶浓缩的周转时间(TAT)与基于扩增子的工作流程的周转时间(TAT)相似。
(一)大多数基于杂交的工作流程需要两天才能完成,而KAPA HyperPETE工作流程可以在一天内完成。(B)KAPA HyperPETE的各种应用的TAT差异取决于所使用的库制备试剂盒,因为每个试剂盒所需的完成时间略有不同。但是,一旦创建了库,整个应用程序的充实工作流程是相同的。
KAPA HyperPETE面板 | FFPET | 等离子体cfDNA | 人类细胞系gDNA | 高质量的人类gDNA | 高质量的人RNA | |||
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DNA | 核糖核酸 | 血 | 新鲜的组织 | 血 | 新鲜的组织 | |||
KAPA HyperPETE选择/探索 | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | |||
KAPA HyperPETE选择/探索RNA | ✓ | ✓ | ✓ | |||||
KAPA HyperPETE泛癌症小组 | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | |||
KAPA HyperPETE热点面板 | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | ✓ | |||
KAPA HyperPETE遗传肿瘤小组 | ✓ | ✓ | ✓ | |||||
KAPA HyperPETE肺癌融合小组 | ✓ | ✓ | ✓ |
利用KAPA HyperPETE固定设计面板超过十年的探头设计经验。当订购时,这些现成的设计将在下一个工作日交付。
联系我们要求面板基因表,数据数据原理证明,或设计文件。
的KAPA HyperPETE泛癌症小组是一个302 Kb的捕获目标面板,涵盖1324个靶区,86个癌症相关基因和190个与体细胞肿瘤研究应用相关的MSI位点。该面板经过优化,可以从低质量、低数量的FFPET DNA和cfDNA样本中提供高均匀性和特异性。
的KAPA HyperPETE热点面板是一个40 Kb的捕获靶点面板,涵盖了来自人类癌症基因中经常突变的基因组“热点”区域的37个靶点。它经过优化,可从低质量、低数量的FFPET DNA和cfDNA样本中提供高均匀性和特异性。
的KAPA HyperPETE遗传肿瘤小组是一个200 Kb的捕获目标面板,专注于遗传性乳腺癌和卵巢癌的研究(包括乳腺癌易感基因1而且BRCA2)以及遗传性结直肠癌的研究。它涵盖了这些癌症类型中的47个相关基因,并已经过优化,可在种系变异研究中提供高均匀性和特异性,具有8个样本的预捕获多路复用能力。
的KAPA HyperPETE肺癌融合小组是一个18 Kb的捕获目标面板,也使用新的KAPA HyperPETE技术来检测已知的融合和未知的融合伙伴,包括17个肺癌融合基因和4个管家基因(作为内部对照)。
该设计和分析(由NAVIFY®Mutation Caller支持)涵盖了融合,但该设计还通过替代分析解决方案涵盖了捕获区域附近的其他变体。
使用HyperDesign这是一种用户友好的在线工具,基于20年的硅设计经验,选择探针面板,实现更深、更均匀的下游测序覆盖,测序读数更少,甚至跨越难以捕获的区域。
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