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下一代定向测序(NGS)是一种精确、强大的工具,能够对由体细胞或细菌变异驱动的疾病和失调进行深入的基因组分析,以及对许多传染性疾病进行分析。
靶向测序主要有两种方法:基于扩增子的测序,依靠PCR扩增;杂交捕获,利用互补探针捕获目标序列。虽然每种方法都有独特的优势,但都能使用户将测序工作集中在感兴趣的基因组区域,包括人类基因组中的编码和/或非编码区域,或模式生物或病原体的基因组中。
与全基因组测序(WGS)相比,这种专注的方法产生了更深入的目标区域测序,总reads更少,减少了所需的测序量和分析所需的时间。定向NGS的覆盖范围更广,提高了测序数据的准确性;这在癌症研究中的变异呼叫、罕见疾病相关突变的鉴定和单基因疾病的分析中尤其重要。
靶向测序的集中方法也可能有助于靶向治疗应用和个性化药物的发展。例如,多态人类白细胞抗原(HLA)基因的定向重测序有助于HLA分型,这对于造血干细胞或实体器官移植的匹配至关重要。这些方法还可以迅速调整,以应对新出现的健康威胁,如SARS-CoV-2。
在大多数混合捕获方法中,该过程从标准库准备工作流开始。首先,通过剪切或使用酶将输入的DNA片段化;这将根据样品类型和正在使用的库制备试剂盒而有所不同。然后将测序平台专用的适配器连接到DNA片段上,形成文库分子;适配器连接的样本现在是一个测序库。接下来,文库与生物素化寡核苷酸探针池孵育,如KAPA目标富集探针,旨在针对DNA片段库中感兴趣的特定区域;这是杂化步骤。最后,使用链霉亲和素涂层磁珠捕获生物素化的探针/目标杂交体,然后清洗以去除非特异性文库片段。结果是在一个高度富集目标DNA的测序库中。
成功的NGS目标富集要求文库具有最大的分子复杂性和最小的偏差,其次是稳健的、特异性的目标富集。我们的流线型KAPA HyperCap Workflow v3的高转化率,提供复杂的库KAPA HyperPrep或KAPA HyperPlusNGS-QC KAPA目标浓缩探针套件,创建单一供应商支持的工作流程。
样品质量控制
图书馆准备
图书馆放大
混合捕获
图书馆量化
在基于pcr的目标富集方法(也称为基于扩增子的方法)中,使用感兴趣区域两侧的引物对来扩增目标区域;这些反应可以是单反应,也可以是多重反应。在一些方法中,测序适配器包括在初始引物中,并在这一步添加到扩增子中,而其他方法则需要第二个“引物PCR”反应。在这两种情况下,PCR产物和最终扩增文库在测序之前被归一化和汇总。虽然这种方法高效且易于使用,但由于建立多个反应的成本,以及并非所有区域都将平等扩增的可能性,它不适用于针对较大的基因组区域,导致由于PCR偏差和退出而导致覆盖不均匀;然而,通过使用高保真聚合酶,PCR偏差可以最小化
确保高效的库转换具有较高的库复杂性。KAPA HyperPrep和KAPA HyperPlus试剂盒的强大化学性质导致输入DNA更多地转化为适配器连接分子,提高富集后的目标覆盖率并减少重复读取。
HyperDesign是一种新的在线工具,使用罗氏著名的算法进行探针设计和选择,使您能够自定义您的目标浓缩面板,以满足您的研究的独特需求。此外,罗氏的支持科学家随时准备帮助您进行设计规划和优化。
KAPA目标富集探针由KAPA HiFi DNA聚合酶制造,具有极高的序列保真度、高靶率、高精度和可重复性。
什么是NGS中的目标率?
NGS目标富集中的低质量样品
什么是Fold-80惩罚?
什么是NGS中的复制率?
什么是基因组等价物?
什么是GC偏差?
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