RNA-sequencing (RNA-seq)

转录组研究的有力技术

标题:rna -测序(RNA-seq)，基因表达

RNA-seq是什么?

RNA-测序(RNA-seq)是研究转录组(细胞或组织中编码和非编码RNA转录本的整个谱)的一种强大的方法。转录组可以为细胞在特定时刻的行为提供有价值的见解，无论是在休息时，还是在对环境变化、治疗或发育进展作出反应时。RNA-seq还能识别变异剪接事件、新转录物、突变、基因融合、异构体和单核苷酸变异(SNVs)。

RNA-seq策略和工作流程

实验的最佳RNA-seq工作流程取决于你试图回答的问题、RNA样本的质量、可用RNA的数量和感兴趣的转录本的性质。KAPA RNA HyperPrep Kit是一种强大的、流线化的文库制备解决方案，用于制备总RNA文库，并形成了KAPA RNA-seq工作流程的基础，用于转录组测序的核蛋白耗尽、自定义耗尽和mRNA捕获工作流程(见下文)。

rRNA，用户定义的RNA和珠蛋白RNA的损耗

Whole-transcriptome测序提供了转录组的完整视图，包括未成熟和非编码rna。在这些工作流程中，重要的是在文库准备之前去除rRNA(最多占总RNA样本的95%)，以尽量减少浪费的测序读取数量。这种方法是有效的降解RNA输入不适合mRNA捕获。酶的消耗也可以用来去除其他转录物，如珠蛋白mRNA和/或其他高度丰富的rna。

信使rna捕获

信使rna捕获测序用于分析真核生物样本中的编码转录本，使研究人员能够检测和量化相对表达水平。这个工作流程丰富了非聚腺苷酸化物种的mRNA，如核糖体、前体和非编码rna。

rRNA耗尽、珠蛋白或自定义耗尽以及使用KAPA RNA HyperPrep试剂盒进行mRNA富集的工作流程概述。

RNA-seq库准备是关键的第一步

罗氏KAPA RNA HyperPrep试剂盒提供了灵活的工作流程选项，具有流线型的单管单日工作流程，包括通过选择性捕获mRNA或rRNA耗尽来富集所需的转录本。这些试剂盒经过优化，即使在降解和低输入的样品中也具有高性能，并提供定制的RNA损耗选项。

KAPA RNA HyperPrep提供了流线型的、链特异性的文库构建。

图像的自动化

自动化RNA-seq库准备

自动化增加了吞吐量，减少了操作时间，减少了人为错误，并实现了工作流标准化。它还最大限度地减少了潜在的移液错误和标准化的工作流程，以改善结果。验证脚本可用于许多液体处理仪器的KAPA RNA HyperPrep试剂盒。

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简化RNA-seq数据分析KAPA RNA HyperPrep试剂盒-不需要生物信息学经验

管理海量的RNA-seq数据是一项挑战，从外部生物信息学家那里收到一份分析报告可能需要数周时间。罗氏与Genialis合作，提供了一个生物学家友好的基于云的分析应用程序，通过预先配置的自动化管道运行原始测序数据，跟踪每个样本是如何处理的，实时可视化和解释结果，并在云中管理所有项目。

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RNA-seq资源

视频

核糖体RNA损耗的重要性

RNA-Seq和珠蛋白损耗

应用笔记

KAPA HyperPlus Kit为超低输入和单细胞mRNA测序提供了健壮和灵活的文库准备

通过RNA测序进行分子分析

RNA-seq:基因表达分析

使用退化输入的rna测序

单种和多种细菌样品中的核糖体RNA缺失

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研究只使用。不用于诊断程序。
KAPA是Roche的商标。