KAPA UDI Adapters

概述

全长适配器兼容基于连接的文库构建工作流程，用于Illumina上直接和靶向的多重DNA和RNA (cDNA)测序应用^®平台。由于测序条形码是在适配器连接步骤中添加的，因此全长适配器特别适合于无pcr的工作流程。

KAPA唯一双索引(UDI)适配器具有标准的Illumina适配器主干。因此，它们很容易被纳入到新的和现有的Illumina测序工作流程中，并且不需要定制的测序或引物索引。每个i5和i7适配器寡核苷酸上的8-nt测序条形码的组合支持1通道、2通道和4通道Illumina仪器的配对端测序。KAPA UDI适配器支持广泛的样本池(2- plex到96-plex，根据您的工作流程)，用于目标富集和/或测序。

独特的双索引建议用于所有应用和Illumina测序仪。^1、2

产品亮点

更少的误读提高了对结果的信心

多重测序过程中的索引错配可能是由于索引跳变、条形码或样品交叉污染、聚合样品PCR扩增过程中的模板切换和/或测序/分析错误造成的;其中一些问题可以通过适配器的设计和质量来缓解
KAPA UDI适配器中独特的双索引组合允许在数据分析之前过滤掉带有意外条形码组合的读取
KAPA UDI适配器采用严格的程序制造，并经过基于序列的QC测试，以减少条形码交叉污染导致的索引错配的可能性

查看数据，展示KAPA UDI适配器中使用的独特双索引组合，以及针对条形码交叉污染的基于排序的QC测试如何减轻索引错配的潜在影响。

图1。独特的双索引减轻了在多路测序过程中索引错配对图案化流细胞的影响。

该数据集中的每个点都代表一个无pcr的人类全基因组文库，在Illumina HiSeq X仪器上以8个(黑色)或24个(蓝色)的池进行测序。用VerifyBamID计算的污染率反映了基于基因型分析的潜在样品交叉污染。索引跳跃有助于观察到的污染率，在实施KAPA UDI适配器中使用的非冗余双索引策略和条形码(而不是原来的单一索引工作流程)后，索引跳跃显著降低了污染率。绿线代表数据的平均值，红线代表数据的统计控制上限和下限，用JMP分析。数据由Broad研究所(Cambridge, MA, USA)提供。

图2。针对条形码交叉污染的KAPA适配器的基于测序的QC测试提高了结果的可信度。

在这种内部开发的QC检测中，每个KAPA UDI都连接到一个独特的合成线性插入物上。这96个文库在Illumina NextSeq上进行汇总和测序^™500年乐器。在适配器修整和对准合成参考序列之前，每个库对数据进行下采样至500,000个读取。对齐的bam文件将向下采样到最后计算的最低对齐读计数。这里显示的热图是KAPA UDI适配器的代表性条形码交叉污染测试结果，并显示了与每个插入(列)和条形码(行)组合相关的读取百分比。对角线上的深绿色块对应不正确的uddi插入组合。每个其他块对应于与96个集合中的其他期望索引组合之一相关联的特定插入的读取百分比，并根据右侧给出的刻度进行着色。测试确认了适配器被镀在正确的孔中，与其他潜在来源(如指数跳变)相比，由于无法过滤掉的UDI组合交叉污染造成的指数错配非常低。

高性能，完整的工作流程，适用于广泛的应用程序

高性能的图书馆建设工作流程需要适当的、高质量的配件，如适配器和珠子，以实现最佳的图书馆产量和质量。
KAPA UDI适配器在NGS库构建工作流中进行功能测试，以确认高水平的库构建效率，最低水平的适配器二聚体形成以及所有96个索引组合的一致性能。

查看数据表明，KAPA适配器在一系列不同的样本类型、输入和测序应用中支持高效和一致的文库构建效率

图3。在使用Bedtools计算序列覆盖率之前，测序数据采样降至每个技术重复2700万个reads。

由covaris剪切和酶片段DNA制备的KAPA文库与Nextera文库包含低覆盖区域和覆盖热点区域的文库相比，在总体平均覆盖深度更高的地方产生了相似且相当狭窄的分布。

灵活高效的无pcr人类全基因组测序

即使少量的文库扩增也可能引入偏倚，导致覆盖不均匀和需要更多的测序;特别是在对人类和其他复杂基因组进行测序时，或者在对gc含量极高的微生物基因组进行测序时
无pcr工作流程已成为人类全基因组测序(WGS)的金标准
高质量，全长KAPA UDI适配器与KAPA HyperPrep试剂盒结合使用，支持高通量，无pcr人WGS所需的灵活和高效的文库构建协议

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参考文献

https://www.illumina.com/science/education/minimizing-index-hopping.html．2019年2月访问。
科斯特洛M，等。BMC Genomics. 2018;19:332

KAPA唯一双索引(UDI)适配器包含全长，即用，qc测试，双索引Illumina适配器，用于基于连接的库构建。套件规格如下所示。

有关产品运输、储存和处理的其他细节，请参阅技术文件。

¹KAPA UDI适配器和KAPA UDI引物混合(分别)中使用的192和768条形码序列集是罗氏专有的，并且在两组之间有所不同。

²理论上是可能的，但未经充分验证。

^3.这是足够的四个或一个库准备(KAPA UDI适配器板或KAPA UDI底漆混合板，分别)与KAPA HyperPrep或KAPA HyperPlus试剂盒，如果不需要适配器稀释。大量的过充支持自动液体处理系统的使用。

⁴KAPA UDI底漆混合和KAPA UDI适配器板与可剥离密封发货。更换密封(每板三个)是可剥离和可穿透的。

*KAPA HyperPlex适配器和KAPA UDI适配器不兼容甲基-seq应用程序。

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KAPA唯一双索引(UDI)包含96个双索引适配器，在KAPA适配器稀释缓冲液中以15µM配制。适配器镀在硬壳PCR板和可剥离的密封膜装运。每个适配器提供20 μ L。如果遵循标准方案且不需要适配器稀释，这足够使用任何KAPA DNA或RNA文库制备试剂盒进行4个文库制备。所有套件都附带三(3)个替换薄膜。KAPA适配器稀释缓冲液(25毫升)包括在所有完整的试剂盒，或可以作为一个独立的试剂盒订购。

KAPA适配器已验证与KAPA HyperPrep试剂盒，KAPA HyperPlus试剂盒和KAPA RNA HyperPrep试剂盒一起使用。

查看全表

试剂盒大小(反应)	罗氏的猫。没有	描述	试剂盒大小(反应)
KK8727	08861919702	KAPA唯一双索引适配器套件(15 μM)	96 x 20 μ L
KK8721	08278539001	KAPA适配器稀释缓冲液	25毫升

KAPA适配器没有甲基化，不适合甲基- seq应用程序。

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