KAPA HyperPrep Kits提供了一个精简的文库制备协议，结合了几个酶的步骤，并消除了珠子的清理，以显著减少文库制备时间，提高一致性。这种新颖的单管化学技术进一步提高了文库建设效率，特别是对FFPE和无细胞DNA等具有挑战性的样本。KAPA HyperPrep套件提供完整的库准备解决方案与KAPA适配器和KAPA HyperPure Beads。
为了实现NGS自动化的即插即用，KAPA HyperPrep工作流也可在我们的自动平台AVENIO Edge System上使用。
仅供研究用途。不用于诊断程序。
KAPA HyperPrep Kits提供了一个精简的文库制备协议，结合了几个酶的步骤，并消除了珠子的清理，以显著减少文库制备时间，提高一致性。这种新颖的单管化学技术进一步提高了文库建设效率，特别是对FFPE和无细胞DNA等具有挑战性的样本。KAPA HyperPrep套件提供完整的库准备解决方案与KAPA适配器和KAPA HyperPure Beads。
为了实现NGS自动化的即插即用，KAPA HyperPrep工作流也可在我们的自动平台AVENIO Edge System上使用。
与Illumina TruSeq Nano DNA试剂盒或NEBNext相比，KAPA HyperPrep Kit输入DNA到适配器连接文库的转换更高®Ultra™II FS套件。
图1。KAPA HyperPrep Kits使图书馆建设效率更高。利用KAPA HyperPrep或竞争对手的文库构建工具包，从不同数量的covaris剪切人类基因组DNA中准备目标捕获的文库转化率。库是根据制造商的说明准备的。输入DNA用Qubit量化，而基于qpcr的KAPA文库量化试剂盒用于适配器连接后KAPA HyperPrep和TruSeq Nano文库产量的测定。NEBNext文库的转化率不能直接用KAPA文库量化试剂盒测量，而是由放大后的产量得出。
使用KAPA HyperPrep试剂盒显示高覆盖率均匀性，使用KAPA HiFi聚合酶显示最小扩增偏差。
图2。KAPA HiFi引入最小的放大偏差，并提供高覆盖均匀性。GC偏倚图用于具有极端基因组GC含量的细菌全基因组鸟枪测序文库(梭状芽胞杆菌， 29% GC和博代氏杆菌属, GC) 68%。用KAPA HyperPrep Kit从100ng或1ng DNA中提取文库，covaris剪切到平均大小约200bp;未扩增测序，或KAPA HiFi扩增后测序。KAPA HiFi引入了最小的扩增偏差，尽管PCR循环次数相对较高(12个循环梭状芽胞杆菌13个周期博代氏杆菌属)．配对端测序(2 x 300 bp)在Illumina MiSeq上进行，并用Picard进行数据分析。
图3。KAPA HiFi引入最小的放大偏差，并提供高覆盖均匀性。GC偏倚图用于具有极端基因组GC含量的细菌全基因组鸟枪测序文库(梭状芽胞杆菌， 29% GC和博代氏杆菌属, GC) 68%。用KAPA HyperPrep Kit从100ng或1ng DNA中提取文库，covaris剪切到平均大小约200bp;未扩增测序，或KAPA HiFi扩增后测序。KAPA HiFi引入了最小的扩增偏差，尽管PCR循环次数相对较高(12个循环梭状芽胞杆菌13个周期博代氏杆菌属)．配对端测序(2 x 300 bp)在Illumina MiSeq上进行，并用Picard进行数据分析。
使用KAPA HyperPrep Kit与TruSeq Nano DNA Kit相比，可以查看显示更高的文库多样性、更低的复制率和更好的覆盖率的数据。
图4。KAPA HyperPrep试剂盒可提高FFPE样品的覆盖深度。使用KAPA HyperPrep Kit或TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit (Illumina)从100 ng FFPE DNA中制备用于目标捕获的文库的关键测序指标。根据制造商的说明，使用SeqCap EZ综合癌症设计(4 Mb)进行捕获，但每种文库类型的预捕获扩增循环数根据连接后产量进行了优化(KAPA HyperPrep为10循环，TruSeq Nano DNA文库为14循环)。所有的库在捕获后扩增了13个周期。KAPA HyperPrep试剂盒更有效的文库构建和更少的PCR偏差导致捕获前文库的复杂性更高，复制率更低，覆盖面更广。测序(2 x 75 bp)在Illumina HiSeq 2500上进行。在Picard分析之前，每个文库的测序reads被降低到约1400万。
图5。KAPA HyperPrep试剂盒可提高FFPE样品的覆盖深度。使用KAPA HyperPrep Kit或TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit (Illumina)从100 ng FFPE DNA中制备用于目标捕获的文库的关键测序指标。根据制造商的说明，使用SeqCap EZ综合癌症设计(4 Mb)进行捕获，但每种文库类型的预捕获扩增循环数根据连接后产量进行了优化(KAPA HyperPrep为10循环，TruSeq Nano DNA文库为14循环)。所有的库在捕获后扩增了13个周期。KAPA HyperPrep试剂盒更有效的文库构建和更少的PCR偏差导致捕获前文库的复杂性更高，复制率更低，覆盖面更广。测序(2 x 75 bp)在Illumina HiSeq 2500上进行。在Picard分析之前，每个文库的测序reads被降低到约1400万。
参见使用KAPA HyperPrep Kit与竞争对手的工具包相比改进的库多样性的比较数据。查看由KAPA HyperPrep Kit与专门为低输入应用设计的竞争对手工具包所显示的可比复制率数据。
图6。KAPA HyperPrep Kits可以改进从无细胞DNA制备的文库的测序指标。使用KAPA HyperPrep Kit或竞争对手的低投入文库构建试剂盒(蓝色)，从2ng无细胞DNA制备的文库多样性和复制率。库是根据制造商的说明准备的。KAPA HyperPrep库是在适配器:插入摩尔比范围内制备的，竞争试剂盒的适配器:插入比未知。测序(2 x 150 bp)在Illumina MiSeq上进行，并用Picard进行数据分析。
图7。KAPA HyperPrep Kits可以改进从无细胞DNA制备的文库的测序指标。使用KAPA HyperPrep Kit(绿色)或竞争对手的低投入文库构建试剂盒(红色)，从2ng无细胞DNA制备的文库的文库多样性和复制率。库是根据制造商的说明准备的。KAPA HyperPrep库是在适配器:插入摩尔比范围内制备的，竞争试剂盒的适配器:插入比未知。测序(2 x 150 bp)在Illumina MiSeq上进行，并用Picard进行数据分析。
*数据文件。
除非另有说明，所有图形数据都在文件中。
| 帽或盘的颜色 | 组件名称 | 包括在KAPA HyperPrep套件中 (07962312001;07962347001;07962363001) |
包含在 (07962339001;07962355001;07962371001) |
|---|---|---|---|
| 紫色的 | HyperPrep末端修复和a -尾酶 | 是的 | 是的 |
| 紫色的 | HyperPrep结束修复和a尾缓冲 | 是的 | 是的 |
| 黄色的 | 超准备DNA连接酶 | 是的 | 是的 |
| 黄色的 | HyperPrep结扎缓冲 | 是的 | 是的 |
| 绿色 | KAPA HiFi HotStart ReadyMix (2X) | 是的 | 没有 |
| 绿色 | KAPA文库扩增引物Mix (10X) | 是的 | 没有 |
| 设备代码 | 罗氏的猫。没有 |
描述 |
包大小(反应) |
|---|---|---|---|
| KK8501 | 07962339001 |
KAPA HyperPrep Kit(无pcr) | 8 |
| KK8503 |
07962355001 |
KAPA HyperPrep Kit(无pcr) |
24 |
| KK8505 |
07962371001 |
KAPA HyperPrep Kit(无pcr) |
96 |
| KK8500 |
07962312001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
8 |
| KK8502 |
07962347001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
24 |
| KK8504 |
07962363001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
96 |
所有KAPA适配器套件包含KAPA适配器稀释缓冲液和三个额外的密封膜，以支持多次使用。如果需要，KAPA适配器稀释缓冲(08278539001)也可单独提供。
| 设备代码 | 罗氏的猫。没有 | 描述 | 包大小 |
|---|---|---|---|
| KK8007 | 08963835001 | KAPA超纯珠子(5 mL) | 5毫升 |
| KK8008 | 08963843001 | KAPA超纯珠粒(30ml) | 30毫升 |
| KK8009 | 08963851001 | KAPA超纯珠粒(60 mL) | 60毫升 |
| KK8011 | 08963878001 | KAPA超纯珠粒(4 x 60 mL) | 4 x 60毫升 |
| KK8010 | 08963860001 | KAPA超纯珠粒(450 mL) | 450毫升 |
| KK8727 | 08861919702 | KAPA独特的双索引适配器套件(15 μM) | 96个适配器x 20 μL每个 |
| KK8721 | 08278539001 | KAPA适配器稀释缓冲液(25ml) | 25毫升 |
KAPA HyperPrep Kit在Illumina平台上的推荐应用是什么?
图书馆建设的主要步骤是什么?
图书馆建设过程中是否存在安全的停歇点?
库的构建过程，从末端修复和a -tail到最终的放大库，可以在3小时内完成，这取决于经验和正在处理的样品数量。如有必要，协议可以在完成后结扎清理后或在后扩增清理前安全暂停。
纯化的，适配器连接的文库DNA可在2°C至8°C保存1 -2周，或在-15°C至-25°C保存≤1个月，然后进行扩增，目标捕获和/或测序。为了避免降解，尽可能将DNA保存在缓冲溶液(10mm Tris-HCl, pH 8.0 - 8.5)中，并尽量减少冻融循环次数。
你的Covaris剪羊毛建议是什么?
我可以使用什么适配器与这个套件和什么浓度?
KAPA适配器推荐与KAPA HyperPrep套件一起使用。然而，该试剂盒也兼容其他全长适配器设计，其中测序和集群生成序列都是在连接步骤中添加的，如KAPA HyperCap和KAPA HyperPETE工作流中常规使用的那些，TruSeq (Illumina)和SureSelect XT2 (Agilent)工具包，以及其他类似的库构建工作流。也可以使用具有类似设计并与dsDNA的“ta连接”兼容的定制适配器，记住定制适配器设计可能会影响库构建效率。
如需适配器兼容性和订购方面的帮助，请联系技术支持，获取用户提供的文库扩增引物配方指南。
连接效率是稳健的适配器插入摩尔比从10:1到>200:1。下表给出了不同输入的推荐适配器浓度。注意，高适配器插入摩尔比有利于低输入和具有挑战性的样品。当优化DNA输入≤25 ng的工作流程时，建议评估两到三个适配器浓度。试试表中推荐的浓度，以及2 - 10倍范围内的一到两个额外浓度。
KAPA适配器可用于适当稀释的所有输入。有关适配器兼容性和订购方面的帮助，请访问sequencing.roche.com/support．
| 输入DNA | 适配器股票浓度 | 适配器:插入摩尔比 |
| 1μg | 15μM | 10:1 |
| 500 ng | 15μM | 20:1 |
| 250 ng | 15μM | 40:1 |
| 100 ng | 15μM | 100:1 |
| 50 ng | 15μM | 200:1 |
| 25 ng | 7.5μM | 200:1 |
| 10 ng | 3μM | 200:1 |
| 5 ng | 1.5μM | 200:1 |
| 2.5 ng | 750海里 | 200:1 |
| 1 ng | 300海里 | 200:1 |
我在哪里可以找到关于KAPA适配器的更多信息?
有关不同KAPA DNA和RNA文库制备试剂盒和输入的条形码序列、池化、试剂盒配置、配方和稀释的信息，请参阅KAPA适配器技术数据表。
对KAPA适配器执行什么QC测试?
KAPA适配器经过广泛的qPCR和基于测序的功能和QC测试，以确认:
在低投入的库构建工作流中评估了库构建效率和适配器-二聚体的形成。该试验的转化率反映了文库建设的效率。这是通过qPCR(使用KAPA文库量化试剂盒)测量适配器连接文库(在任何扩增之前)的产量来计算的，并表示为输入DNA的%。为了评估适配器-二聚体的形成，使用了一种改进的库构建协议——设计用于测量适配器-二聚体的高灵敏度。
条形码交叉污染通过测序进行评估。每个适配器都使用标准库构造协议连接到一个已知序列的唯一合成插入。
应该使用多少循环的文库放大?
如果循环完成(不推荐)，单个50µL的KAPA HiFi文库扩增反应可产生8-10µg的扩增文库。为了最大限度地减少过度扩增和相关的不需要的人工制品，扩增循环的数量应该调整为产生下游工艺所需的最佳扩增文库数量。这通常在250 ng - 1.5µg的最终扩增文库中。
在库放大之前对适配器连接库进行量化，可以极大地促进库放大参数的优化，特别是在库建设工作流刚建立或优化的时候。可用于文库扩增的模板DNA(适配器连接分子)的数量可以使用KAPA文库量化试剂盒来确定。一种简单的算法随后可用于理论上预测达到放大库特定产量所需的放大循环数。一个计算器可以用于特定的目的，可从支持请求。
从不同数量的输入DNA制备的文库的估计扩增循环数可以在最新版本的KAPA HyperPrep技术数据表中找到。根据输入DNA的样本类型和大小分布，实际的最佳扩增循环数可能是高1-3个循环或低1-3个循环。
是否需要库放大?
如果在连接后清理后检索到的适配器连接文库的数量足够进行下一个过程(例如直接测序)，并且文库分子包含该过程所需的所有适配器基序，文库扩增可以被省略。这进一步简化了工作流程，并将整个库准备时间减少到2小时以下。KAPA HyperPrep Kit的高转换效率可实现无pcr工作流程，输入DNA≥50 ng。无扩增试剂的KAPA HyperPrep试剂盒(07962339001,07962355001和07962371001)可用于无pcr工作流程。
KAPA文库扩增引物Mix与所有Illumina文库兼容吗?
KAPA HyperPrep Kits包含高度优化的文库扩增引物Mix，旨在消除或延迟用KAPA HiFi DNA聚合酶进行文库扩增反应时引物的消耗。混合引物基于Illumina流动细胞P5和P7序列，适用于全长适配器制备的文库扩增。用户提供的引物混合物可以与不完整的或自定义适配器结合使用。有关用户提供的文库扩增引物的配方指南，请与我们联系。
KAPA HyperPrep试剂盒的保质期和推荐储存条件是什么?
本试剂盒中提供的酶对温度敏感，在运输和储存过程中应适当小心。根据目的地国家的不同，KAPA HyperPrep试剂盒采用干冰或冰袋运输。收到后，立即将酶和反应缓冲液在-15°C至-25°C恒温冰箱中保存。在这些条件下储存并正确处理时，套件组件将保持充分活性，直到套件标签上标明的过期日期。
适配器结扎后需要多少珠基清理?
新型的单管KAPA HyperPrep化学结构减少了适配器-二聚体的形成和结转。在适配器连接后，只需一次基于珠的清理就足以清除未使用的适配器和适配器二聚体，即使在低输入应用中推荐的高适配器:插入摩尔比的情况下也是如此。如果有必要，可以包括第二次连接后(或大小选择步骤)清理，以清除所有未使用的适配器和适配器二聚体的痕迹，特别是对于无pcr的工作流