KAPA HyperPrep工具包

图1。KAPA HyperPrep工具包使图书馆建设效率更高。使用KAPA HyperPrep或竞争对手的文库构建试剂盒，从不同数量的covaris剪切的人类基因组DNA中捕获目标所准备的文库的转化率。库是根据制造商的说明准备的。输入DNA使用Qubit进行定量，而基于qpcr的KAPA文库定量试剂盒用于确定适配器连接后KAPA HyperPrep和TruSeq Nano文库的产量。NEBNext文库的转换率不能直接用KAPA文库量化试剂盒测量，而是由扩增后产量得出。

图2。KAPA HiFi引入最小的放大偏差，并提供高覆盖均匀性。为具有极端基因组GC含量的细菌的全基因组霰弹枪测序而制备的文库GC偏置图(梭状芽胞杆菌， 29% GC和博代氏杆菌属， 68% gc)。使用KAPA HyperPrep Kit从100 ng或1 ng DNA中制备文库，covaris剪切至平均大小约200 bp;无需扩增，或经过KAPA HiFi扩增后进行测序。KAPA HiFi引入了最小的扩增偏置，尽管PCR循环次数相对较多(12个循环)梭状芽胞杆菌13个周期博代氏杆菌属)．在Illumina MiSeq上进行配对端测序(2 x 300 bp)，并用Picard分析数据。

图4。KAPA HyperPrep试剂盒可提高FFPE样品的覆盖深度。使用KAPA HyperPrep Kit或TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit (Illumina)从100 ng FFPE DNA制备的靶标捕获文库的关键测序指标。使用SeqCap进行捕获^®根据制造商的说明，EZ综合癌症设计(4 Mb)，但每种文库类型的预捕获扩增周期的数量基于连接后的产量进行了优化(KAPA HyperPrep为10个周期，TruSeq Nano DNA文库为14个周期)。所有文库在捕获后扩增13个周期。KAPA HyperPrep试剂盒更高效的文库构建和更少的PCR偏置导致了在捕获之前更高的文库复杂性，更低的重复率和更好的覆盖率。测序(2 x 75 bp)在Illumina HiSeq 2500上进行。在Picard分析之前，测序reads被降低到每个文库约1400万。