综合基因组分析

癌症是一种基因组疾病，不再仅仅被视为一种同质疾病，而是数百种疾病的集合，每种疾病都由独特的基因组特征驱动。¹突变类型包括单核苷酸变异(SNVs)、拷贝数改变(cna)、重排和插入和删除(indels)，一个肿瘤可能在多个基因中有多种类型的突变。

某些突变是可行的，可以通过治疗干预进行靶向治疗。此外，一些突变是驱动突变，发生在肿瘤抑制基因或癌基因中，有助于癌症进展。其他的是乘客突变，它们是在癌症进化过程中获得的，但对疾病进展没有贡献。

已经开发了几种分子检测策略来检测这些基因改变。

第一代测序已用于单基因的鉴定，如表皮生长因子受体或喀斯特用于肺癌检测。PCR已用于检测表皮生长因子受体，而荧光原位杂交(FISH)用于检测碱性而且ROS1NSCLC中的重排。

在许多情况下，单基因检测历来被视为一种具有成本效益的方法，通常是因为工作流程更简单，产生结果也更快。然而，最近的研究显示了采用多基因检测方法的优势和成本节约。^{2 - 4}

由于癌症涉及多个基因改变，检测单个基因可能会导致患者样本信息的丢失。一般来说，获得活组织检查是具有挑战性的，特别是对于某些类型的癌症，如NSCLC。报告显示，约30%的单基因检测失败是由于用于检测的活检样本或DNA不足。⁵这种不足和未能提供关于患者癌症类型的足够信息限制了临床医生对治疗做出准确和知情决定的能力。

分子技术的进步导致了突变热点检测的多重面板的使用。这些检测方法是PCR、FISH或基于ngs的，针对几种可操作的突变。

虽然热点检测能够检测到比单基因检测更多的突变，但它不能在一个工作流程中检测到所有四类主要的突变。例如，NSCLC中的一些ALK重排在FISH中被发现为阴性，但后来通过综合基因组分析(CGP)检测到。⁶此外，虽然这些测试可以识别snv和一些indes，但这些分析可能会遗漏cnv和染色体重排。⁷专注于有限数量的基因也可能增加与疾病进展或治疗反应相关的新突变缺失的风险。⁸

为此，CGP是一种NGS方法，可以在一个工作流程中检测数百种基因突变，能够对癌症突变进行更全面的评估，并能够解决与其他技术相关的挑战。

CGP利用大规模并行NGS的力量对涉及癌症的体细胞改变的基因进行测序，确定所有四种主要类型的突变和临床相关和可操作的突变。CGP还能够检测肿瘤突变负担(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)和杂合性缺失(LOH)的基因组特征。

例如，对肺癌的研究表明，CGP是一种有效的方法，可以在一次测试中检测大量的变化此外，CGP的一个主要优势是它的可扩展性和识别基因组突变的高敏感性和特异性的能力。⁹考虑到获取患者样本的困难，CGP是从单个样本中分析数百个突变的理想测试解决方案。

CGP还为肿瘤分析提供了一种泛癌症方法。虽然许多肿瘤可以共享共同的突变，但单个肿瘤可能包含不同的突变。因此，一种广泛筛查组织不可知突变的综合方法可能有助于更广泛地了解疾病进展，并为更精确的治疗干预提供信息。

CGP可以提供比单基因或多重热点检测更有价值和更准确的信息，现在正成为一种应该整合到患者癌症样本常规分子分析中的方法。由于CGP能够检测数百种不同的突变，并识别其他技术可能忽略的多种染色体改变，它有潜力被广泛纳入癌症治疗，并帮助确保患者接受更好的有针对性的个性化治疗。