仅供研究用途。不用于诊断程序。
截断适配器与基于连接的文库构建工作流程兼容，用于Illumina上的直接和靶向多路DNA和RNA (cDNA)测序应用®平台。测序条形码在文库扩增步骤中加入UDI引物混合物。
KAPA HyperPlex适配器有一个标准的Illumina适配器骨干。因此，它们很容易被纳入新的和现有的Illumina测序工作流程，不需要定制的测序引物。每个i5和i7适配器oligos上的8-nt测序条形码组合支持1通道、2通道和4通道Illumina仪器上的成对端测序。KAPA HyperPlex适配器支持广泛的样本池(2- plex到384-plex，根据您的工作流程而定)，用于目标富集和/或排序。
独特的双索引建议用于所有应用和Illumina测序仪。1、2
图1。截断适配器提供的库生成量几乎是传统全长适配器的两倍。从50 ng人类基因组DNA (NA12878;)使用KAPA HyperPlus套件和两个不同的适配器。12 (n=12)个DNA重复连接到一个标准的Illumina上®-兼容的全长y适配器，用标准illumina兼容的文库扩增引物放大7个周期。另外12个(n=12) DNA复制连接到illumina兼容的截断y适配器上，并用UDI引物混合扩增7个周期。所有其他条件，如DNA裂解时间，最终适配器和引物浓度，以及珠的清理比保持相同的两组样品。用量子比特荧光计(赛默飞世尔科学公司)对库进行量化。用全长适配器制备的库的平均产量为1641.3 ng±178 ng，而用截断适配器制备的库的平均产量为3119.2 ng±157 ng。
图2。KAPA通用UMI适配器支持高度精确的分子计数和从10 ng cfDNA的高双分子回收率。五名健康捐献者的无细胞DNA样本和SeraSeq®来自SeraCare的ctDNA完整™参考材料AF0.5%进行了两份测试，用于文库制备和KAPA HyperCap肿瘤靶板(214 Kb捕获靶标)的靶富集。用KAPA HyperPrep Kit制备10 ng cfDNA文库，并根据KAPA HyperCap cfDNA工作流程v1对每个样本进行cfDNA单次杂交。从NextSeq™500系统中提取2 x 150 bp的测序簇，在分析之前，每个样品被下采样到5000万个经过过滤的质量簇。
图3。KAPA通用适配器与所有384 KAPA UDI底漆混合在KAPA HyperCap工作流v3一致执行。当用所有384个UDIs制备的复制库在同一次测序运行中进行池化时，显示了高重复性，提供了高特异性(%读对靶)，高均匀性(%碱基在中位数覆盖率的0.5倍- 2倍内)和深度目标覆盖率(% >50倍覆盖的碱基)。KAPA HyperCap遗传面板(10 Mb捕获目标)用于丰富从100 ng人类基因组DNA重复输入(NA12878;)与KAPA HyperCap Workflow v3中的KAPA HyperPlus套件。用量子比特荧光计(Thermo Fisher Scientific)对预捕获库进行量化。在384个文库中，32个杂交杂交中有12个进行了复用，平均捕获前产量为3.9±0.4µg。所有384个最终富集文库(32个捕获)在NovaSeq™6000系统通道上以2 x 100 bp进行测序，经过质量过滤后，每个样本平均有2840万个簇(56.8 M reads)。在每个样本减少到1000万个聚类之后，根据技术说明“如何评估KAPA目标富集数据”(2020年3月)进行分析。总重复率为3.2%±0.2%，折叠-80基数惩罚为1.32±0.01。
参考文献
KAPA HyperPlex适配器是带有或不带有UMI的截断适配器，用于基于连接的库构建。它们用384个UDI引物混合物进行验证，这些引物包含非冗余测序条形码组合，旨在减轻索引分配错误对具有图案流细胞的Illumina仪器的影响。套件规格如下所示。
有关产品运输、储存和处理的其他细节，请参阅技术文档。
1KAPA UDI适配器和KAPA UDI Primer mix中分别使用的192和768组条形码序列是Roche独有的，两组之间存在差异。
2理论上是可能的，但没有得到充分验证。
3.如果不需要适配器稀释，这足够四个或一个库准备(分别是KAPA UDI适配器板或KAPA UDI底漆混合板)与KAPA HyperPrep或KAPA HyperPlus Kit。慷慨的过灌装支持使用在自动液体处理系统。
4KAPA UDI底漆混合料和KAPA UDI适配器板配有可剥皮密封。更换密封(每板三个)是可剥离和可穿透的。
*KAPA HyperPlex适配器和KAPA UDI适配器不兼容methyl-seq应用程序。
KAPA通用适配器和KAPA通用UMI适配器都提供在一个2ml管每个960 μL有足够的过载支持自动化。KAPA UDI引物混合物在硬壳96孔PCR板中干燥并镀以一次使用格式，有足够的过量以支持自动化。每个板都配有一个可剥离的密封膜和三个穿孔电缆更换密封。
KAPA HyperPlex适配器已经验证与KAPA HyperCap工作流程一起使用。
| 罗氏的猫。没有 | 描述 | 包大小 |
|---|---|---|
| 9063781001 | KAPA通用适配器，15μM 960 μL | 96个样本 |
| 9063790001 | KAPA通用适配器，15μM 4x960 μL | 384个样本 |
| 9329862001 | KAPA通用UMI适配器，960 μL | 96个样本 |
| 9329889001 | KAPA通用UMI适配器，4x960 μL | 384个样本 |
| 9134336001 | KAPA UDI底漆混合，1- 96,96rxn | 96个样本 |
| 9329838001 | KAPA UDI底漆混合，97- 192,96 rxn | 96个样本 |
| 9329846001 | KAPA UDI底漆混合，193-288,96 rxn | 96个样本 |
| 9329854001 | KAPA UDI底漆混合料，289- 384,96 rxn | 96个样本 |
