KAPA HyperPrep工具包提供了一个简化图书馆准备协议,结合几个酶步骤和消除珠清理显著降低图书馆准备时间,提高一致性。这部小说,单管化学提供了进一步改进图书馆建设效率,特别是对具有挑战性的如FFPE和无细胞DNA样本。KAPA HyperPrep工具包提供完整的图书馆准备解决方案与KAPA适配器和KAPA HyperPure珠子。
最终在门店自动化即插即用,KAPA HyperPrep工作流也可以在我们离开自动化平台,AVENIO边缘系统。
仅供研究使用。不用于诊断程序。
KAPA HyperPrep工具包提供了一个简化图书馆准备协议,结合几个酶步骤和消除珠清理显著降低图书馆准备时间,提高一致性。这部小说,单管化学提供了进一步改进图书馆建设效率,特别是对具有挑战性的如FFPE和无细胞DNA样本。KAPA HyperPrep工具包提供完整的图书馆准备解决方案与KAPA适配器和KAPA HyperPure珠子。
最终在门店自动化即插即用,KAPA HyperPrep工作流也可以在我们离开自动化平台,AVENIO边缘系统。
比较数据视图更高的转换输入DNA adapter-ligated库的KAPA HyperPrep工具包相比Illumina公司TruSeq DNA纳米包或NEBNext®超™II FS工具包。
图1所示。KAPA HyperPrep套件使图书馆建设效率更高。转化率为图书馆准备目标捕获从不同数量的Covaris-sheared人类基因组DNA,用KAPA HyperPrep图书馆建设包或竞争对手。图书馆准备根据制造商的指示。输入DNA被量子位量化,而qPCR-based KAPA图书馆量化工具被用来确定KAPA HyperPrep和TruSeq纳米库适配器结扎后收益率。转化率为NEBNext库无法衡量直接与KAPA图书馆量化工具和来自post-amplification收益率。
看到性能数据显示高覆盖率统一使用KAPA HyperPrep工具包和最小放大偏见KAPA HiFi聚合酶。
图2。KAPA HiFi介绍最小放大偏见和提供高覆盖率一致性。GC偏见情节图书馆准备全基因组鸟枪测序的细菌与极端基因GC内容(梭状芽胞杆菌,29%的GC和博代氏杆菌属,GC) 68%。图书馆是准备与KAPA HyperPrep装备从100 ng或1 ng DNA, Covaris-sheared ~ 200 bp的平均大小;和测序没有放大,放大后KAPA音响。最小放大偏见,KAPA推出了高保真,尽管数量相对较高的PCR周期(12周期梭状芽胞杆菌和13个周期博代氏杆菌属)。Paired-end测序(2 x 300个基点)上执行一个Illumina公司MiSeq,使用皮卡德和数据分析。
图3。KAPA HiFi介绍最小放大偏见和提供高覆盖率一致性。GC偏见情节图书馆准备全基因组鸟枪测序的细菌与极端基因GC内容(梭状芽胞杆菌,29%的GC和博代氏杆菌属,GC) 68%。图书馆是准备与KAPA HyperPrep装备从100 ng或1 ng DNA, Covaris-sheared ~ 200 bp的平均大小;和测序没有放大,放大后KAPA音响。最小放大偏见,KAPA推出了高保真,尽管数量相对较高的PCR周期(12周期梭状芽胞杆菌和13个周期博代氏杆菌属)。Paired-end测序(2 x 300个基点)上执行一个Illumina公司MiSeq,使用皮卡德和数据分析。
视图数据显示高图书馆多样性,低重复率和改善覆盖和使用KAPA HyperPrep装备相比,TruSeq Nano DNA工具包。
图4。KAPA HyperPrep套件使改善覆盖深度FFPE样本。关键排序指标库准备从100 ng FFPE DNA为目标捕获、使用KAPA HyperPrep工具包或TruSeq Nano DNA样本准备工具包(Illumina公司)。捕获与SeqCap EZ综合癌症进行设计(4 Mb)根据制造商的指示,除了pre-capture放大周期的数量为每个库类型优化基于post-ligation收益率(10周期KAPA HyperPrep与14周期TruSeq Nano DNA库)。库都是放大后13个周期捕获。更高效的图书馆建设和PCR偏见与KAPA HyperPrep包导致更高的图书馆复杂性捕获之前,低重复率,提高覆盖率。测序(2 x 75个基点)上执行一个Illumina公司HiSeq 2500。测序读之前down-sampled ~ 1400万/库分析皮卡。
图5。KAPA HyperPrep套件使改善覆盖深度FFPE样本。关键排序指标库准备从100 ng FFPE DNA为目标捕获、使用KAPA HyperPrep工具包或TruSeq Nano DNA样本准备工具包(Illumina公司)。捕获与SeqCap EZ综合癌症进行设计(4 Mb)根据制造商的指示,除了pre-capture放大周期的数量为每个库类型优化基于post-ligation收益率(10周期KAPA HyperPrep与14周期TruSeq Nano DNA库)。库都是放大后13个周期捕获。更高效的图书馆建设和PCR偏见与KAPA HyperPrep包导致更高的图书馆复杂性捕获之前,低重复率,提高覆盖率。测序(2 x 75个基点)上执行一个Illumina公司HiSeq 2500。测序读之前down-sampled ~ 1400万/库分析皮卡。
看到改进图书馆多样性比较数据使用KAPA HyperPrep工具包相比竞争对手工具包。视图的数据显示对比重复率KAPA HyperPrep工具包作为竞争对手的设备专门为低投入应用。
图6。KAPA HyperPrep套件使改进的排序指标从游离DNA库准备。图书馆图书馆多样性和重复率由2 ng游离DNA,利用KAPA HyperPrep工具包或竞争对手低投入的图书馆建设装备(蓝色)。图书馆准备根据制造商的指示。KAPA HyperPrep图书馆准备一系列适配器:插入摩尔比率和改编电影:插入比竞争对手的装备是未知的。测序(2 x 150个基点)上执行一个使用皮卡德Illumina公司MiSeq和数据分析。
图7。KAPA HyperPrep套件使改进的排序指标从游离DNA库准备。图书馆图书馆多样性和重复率由2 ng游离DNA,利用KAPA HyperPrep工具包(绿色)或竞争对手低投入的图书馆建设装备(红色)。图书馆准备根据制造商的指示。KAPA HyperPrep图书馆准备一系列适配器:插入摩尔比率和改编电影:插入比竞争对手的装备是未知的。测序(2 x 150个基点)上执行一个使用皮卡德Illumina公司MiSeq和数据分析。
*数据文件。
所有图形数据文件,除非另有注明。
| 帽或板的颜色 | 组件名称 | 包括在KAPA HyperPrep板 (07962312001;07962347001;07962363001) |
包含在 (07962339001;07962355001;07962371001) |
|---|---|---|---|
| 紫色的 | HyperPrep酶修复和撤离 | 是的 | 是的 |
| 紫色的 | HyperPrep结束维修和撤离缓冲区 | 是的 | 是的 |
| 黄色的 | HyperPrep DNA连接酶酶 | 是的 | 是的 |
| 黄色的 | HyperPrep结扎缓冲 | 是的 | 是的 |
| 绿色 | KAPA HiFi HotStart ReadyMix (2 x) | 是的 | 没有 |
| 绿色 | KAPA图书馆扩增引物组合(10倍) | 是的 | 没有 |
| 设备代码 | 罗氏的猫。没有 |
描述 |
包大小(反应) |
|---|---|---|---|
| KK8501 | 07962339001 |
KAPA HyperPrep工具包(PCR-free) | 8 |
| KK8503 |
07962355001 |
KAPA HyperPrep工具包(PCR-free) |
24 |
| KK8505 |
07962371001 |
KAPA HyperPrep工具包(PCR-free) |
96年 |
| KK8500 |
07962312001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
8 |
| KK8502 |
07962347001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
24 |
| KK8504 |
07962363001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
96年 |
所有KAPA适配器套件包含KAPA适配器稀释缓冲和三个额外的密封电影来支持多个使用。KAPA适配器分别稀释缓冲(08278539001)也可以,如果需要的话。
| 设备代码 | 罗氏的猫。没有 | 描述 | 包大小 |
|---|---|---|---|
| KK8007 | 08963835001 | KAPA HyperPure珠子(5毫升) | 5毫升 |
| KK8008 | 08963843001 | KAPA HyperPure珠子(30毫升) | 30毫升 |
| KK8009 | 08963851001 | KAPA HyperPure珠子(60毫升) | 60毫升 |
| KK8011 | 08963878001 | KAPA HyperPure珠(4 x 60毫升) | 4 x 60毫升 |
| KK8010 | 08963860001 | KAPA HyperPure珠子(450毫升) | 450毫升 |
| KK8727 | 08861919702 | KAPA独特Dual-Indexed适配器套件(15μM) | 96年x 20μL适配器 |
| KK8721 | 08278539001 | KAPA适配器稀释缓冲(25毫升) | 25毫升 |
有什么推荐申请KAPA HyperPrep Illumina公司平台装备吗?
图书馆建设的主要步骤是什么?
有安全停车点在图书馆建设过程中?
图书馆建设过程中,从维修和撤离到最后结束,放大库,可以在不到3小时,根据经验和处理样品的数量。如果有必要,协议可能安全地停下来post-ligation清理完成后,或post-amplification之前清理。
纯化,adapter-ligated图书馆DNA可能存储在2°C到8°C 1 - 2周,或在-15°C到-25°C≤1个月放大之前,目标捕获和/或测序。为了避免降解,总是储存DNA在缓冲溶液(10毫米Tris-HCl, pH值8.0 - 8.5)在可能的情况下,和减少冻融循环的数量。
你Covaris剪切的建议是什么?
我适配器可以使用这个工具,在浓度?
KAPA适配器推荐使用KAPA HyperPrep板。然而,装备也兼容其他长篇适配器设计在测序和集群生成序列被添加在结扎步骤,比如那些经常用于KAPA变容二极管的和KAPA HyperPETE工作流,TruSeq (Illumina公司)和SureSelect此时(安捷伦)工具,和其他类似的图书馆建设工作流程。自定义适配器的类似的设计和兼容的TA-ligation dsDNA也可能被使用,记住,自定义适配器的设计可能会影响图书馆建设效率。
与适配器援助兼容性和订购,请联系技术支持指导方针制定用户提供图书馆扩增引物。
结扎效率强劲adapter-insert摩尔比率> 200:1 10:1。推荐的适配器浓度对不同输入下表中给出。注意adapter-insert高摩尔比率有利于低投入的和具有挑战性的样本。当优化工作流进行DNA输入≤25 ng,建议两个或三个适配器浓度被评估。试着推荐表中的浓度,以及一个或两个额外的浓度范围是2 - 10倍。
KAPA适配器可用于所有输入适当的稀释。关于适配器兼容和订购的帮助,请访问sequencing.roche.com/support。
| 输入DNA | 适配器股票浓度 | 适配器:插入摩尔比率 |
| 1μg | 15μM | 10:1 |
| 500 ng | 15μM | 20:1 |
| 250 ng | 15μM | 40:1 |
| 100 ng | 15μM | 100:1 |
| 50 ng | 15μM | 200:1 |
| 25 ng | 7.5μM | 200:1 |
| 10 ng | 3μM | 200:1 |
| 5 ng | 1.5μM | 200:1 |
| 2.5 ng | 750海里 | 200:1 |
| 1 ng | 300海里 | 200:1 |
我在哪里找到更多关于KAPA适配器的信息吗?
请参阅KAPA适配器技术数据表信息条形码序列,池、装备配置、配方和稀释不同KAPA DNA和RNA图书馆准备工具和输入。
对KAPA适配器执行QC测试是什么?
KAPA适配器进行广泛qPCR——sequencing-based功能和QC测试确认:
图书馆建设效率和adapter-dimer形成低投入的图书馆建设中评估工作流。的转化率达到试验表明图书馆建设效率。这是通过测量计算的收益率adapter-ligated图书馆(放大)之前qPCR(使用KAPA图书馆量化工具),并表示这是一个%的输入DNA。评估adapter-dimer形成,修改后的图书馆建设协议,旨在衡量适配器二聚体与高灵敏度。
条形码交叉污染评估排序。每个适配器是一个独特的结扎,合成已知序列的插入,使用标准库建设协议。
应该使用图书馆的周期放大多少?
如果骑车去完成(不推荐)一个50µL KAPA HiFi图书馆放大反应可以产生8 - 10µg放大的图书馆。最小化over-amplification和相关的不受欢迎的文物,放大周期的数量应根据生产所需的最优数量的扩大图书馆下游流程。这通常是在250 ng - 1.5µg决赛,放大图书馆。
量化adapter-ligated库库之前放大可以极大地促进图书馆放大参数的优化,特别是当图书馆建设工作流程是首先建立或优化。模板DNA的数量(adapter-ligated分子)用于库放大可能决定使用KAPA库量化工具。随后可以使用一个简单的算法从理论上预测放大周期的数量需要达到一个特定的产量扩大图书馆。一个计算器,可用于目的是可以在请求支持。
放大周期的估计数字图书馆准备从不同数量的输入DNA中可以找到的最新版本KAPA HyperPrep技术数据表。实际的最优数量的扩增循环可能1 - 3周期或高或低,根据输入的样本类型和大小分布的DNA。
是图书馆需要放大?
如果adapter-ligated图书馆检索post-ligation清理后就足够了接下来的过程(如直接测序),和图书馆分子包含所有所需的适配器图案这一过程,图书馆放大可以省略。这进一步简化了工作流程,减少整个图书馆准备时间< 2小时。的高转换效率实现KAPA HyperPrep工具包使PCR-free工作流≥50 ng输入DNA。KAPA HyperPrep包没有扩增试剂(07962339001、07962355001、07962355001)可供PCR-free工作流。
是KAPA库扩增引物混合兼容所有Illumina公司库吗?
KAPA HyperPrep套件包含一个高度优化的图书馆扩增引物组合,旨在消除或延迟底漆损耗在图书馆放大反应与KAPA HiFi DNA聚合酶。的引物组合是基于P5和P7 Illumina公司流单元序列,和适合的放大库准备与全身的适配器。可以使用用户提供的引物混合结合不完整或自定义适配器。请联系我们为用户提供指导方针制定图书馆扩增引物。
的保质期和推荐的储存条件是什么KAPA HyperPrep包吗?
该工具包中提供的酶温度敏感,和适当的应该小心在运输和贮藏。KAPA HyperPrep工具装上干冰或冰袋,根据目的地的国家。收到,立即酶和反应缓冲储存在-15°C到-25°C恒温的冰箱。当存储在这些条件下,正确处理,设备组件将保留完整的活动直到截止日期显示在工具标签。
adapter-ligation后需要多少bead-based清理吗?
这部小说,一个管子KAPA HyperPrep化学导致少adapter-dimer形成和遗留物。单个bead-based适配器结扎后清理足以删除未使用的适配器,适配器二聚体,即使在高适配器:插入摩尔比率推荐低投入应用。如果有必要,第二个post-ligation(或大小选择步骤)清理可能包括删除所有未使用的适配器和adapter-dimer的痕迹,尤其是PCR-free工作流