KAPA HyperPrep Kits提供了一个简化的文库准备方案，结合了几个酶的步骤，并消除了珠子清理，以显著减少文库准备时间，提高一致性。这种新颖的单管化学技术进一步提高了文库构建的效率，特别是对于具有挑战性的样品，如FFPE和无细胞DNA。KAPA HyperPrep套件提供完整的库准备解决方案，包括KAPA适配器和KAPA HyperPure Beads。
为了实现NGS自动化的即插即用，KAPA HyperPrep工作流程也可在我们的自动平台AVENIO Edge系统上使用。
仅供研究使用。不用于诊断程序。
KAPA HyperPrep Kits提供了一个简化的文库准备方案，结合了几个酶的步骤，并消除了珠子清理，以显著减少文库准备时间，提高一致性。这种新颖的单管化学技术进一步提高了文库构建的效率，特别是对于具有挑战性的样品，如FFPE和无细胞DNA。KAPA HyperPrep套件提供完整的库准备解决方案，包括KAPA适配器和KAPA HyperPure Beads。
为了实现NGS自动化的即插即用，KAPA HyperPrep工作流程也可在我们的自动平台AVENIO Edge系统上使用。
查看KAPA HyperPrep Kit与Illumina TruSeq Nano DNA试剂盒或NEBNext相比，输入DNA到适配器连接文库的更高转换的比较数据®Ultra™II FS试剂盒。
图1。KAPA HyperPrep工具包使图书馆建设效率更高。使用KAPA HyperPrep或竞争对手的文库构建试剂盒，从不同数量的covaris剪切的人类基因组DNA中捕获目标所准备的文库的转化率。库是根据制造商的说明准备的。输入DNA使用Qubit进行定量，而基于qpcr的KAPA文库定量试剂盒用于确定适配器连接后KAPA HyperPrep和TruSeq Nano文库的产量。NEBNext文库的转换率不能直接用KAPA文库量化试剂盒测量，而是由扩增后产量得出。
参见使用KAPA HyperPrep试剂盒的高覆盖均匀性和使用KAPA HiFi聚合酶的最小扩增偏置的性能数据。
图2。KAPA HiFi引入最小的放大偏差，并提供高覆盖均匀性。为具有极端基因组GC含量的细菌的全基因组霰弹枪测序而制备的文库GC偏置图(梭状芽胞杆菌， 29% GC和博代氏杆菌属， 68% gc)。使用KAPA HyperPrep Kit从100 ng或1 ng DNA中制备文库，covaris剪切至平均大小约200 bp;无需扩增，或经过KAPA HiFi扩增后进行测序。KAPA HiFi引入了最小的扩增偏置，尽管PCR循环次数相对较多(12个循环)梭状芽胞杆菌13个周期博代氏杆菌属)．在Illumina MiSeq上进行配对端测序(2 x 300 bp)，并用Picard分析数据。
图3。KAPA HiFi引入最小的放大偏差，并提供高覆盖均匀性。为具有极端基因组GC含量的细菌的全基因组霰弹枪测序而制备的文库GC偏置图(梭状芽胞杆菌， 29% GC和博代氏杆菌属， 68% gc)。使用KAPA HyperPrep Kit从100 ng或1 ng DNA中制备文库，covaris剪切至平均大小约200 bp;无需扩增，或经过KAPA HiFi扩增后进行测序。KAPA HiFi引入了最小的扩增偏置，尽管PCR循环次数相对较多(12个循环)梭状芽胞杆菌13个周期博代氏杆菌属)．在Illumina MiSeq上进行配对端测序(2 x 300 bp)，并用Picard分析数据。
与TruSeq Nano DNA Kit相比，使用KAPA HyperPrep Kit查看数据显示更高的文库多样性，更低的重复率和更好的覆盖率。
图4。KAPA HyperPrep试剂盒可提高FFPE样品的覆盖深度。使用KAPA HyperPrep Kit或TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit (Illumina)从100 ng FFPE DNA制备的靶标捕获文库的关键测序指标。根据制造商的说明，使用SeqCap EZ综合癌症设计(4 Mb)进行捕获，但每种文库类型的预捕获扩增周期数基于连接后产量进行了优化(KAPA HyperPrep为10个周期，TruSeq Nano DNA文库为14个周期)。所有文库在捕获后扩增13个周期。KAPA HyperPrep试剂盒更高效的文库构建和更少的PCR偏置导致了在捕获之前更高的文库复杂性，更低的重复率和更好的覆盖率。测序(2 x 75 bp)在Illumina HiSeq 2500上进行。在Picard分析之前，测序reads被降低到每个文库约1400万。
图5。KAPA HyperPrep试剂盒可提高FFPE样品的覆盖深度。使用KAPA HyperPrep Kit或TruSeq Nano DNA Sample Prep Kit (Illumina)从100 ng FFPE DNA制备的靶标捕获文库的关键测序指标。根据制造商的说明，使用SeqCap EZ综合癌症设计(4 Mb)进行捕获，但每种文库类型的预捕获扩增周期数基于连接后产量进行了优化(KAPA HyperPrep为10个周期，TruSeq Nano DNA文库为14个周期)。所有文库在捕获后扩增13个周期。KAPA HyperPrep试剂盒更高效的文库构建和更少的PCR偏置导致了在捕获之前更高的文库复杂性，更低的重复率和更好的覆盖率。测序(2 x 75 bp)在Illumina HiSeq 2500上进行。在Picard分析之前，测序reads被降低到每个文库约1400万。
参见使用KAPA HyperPrep Kit与竞争对手套件相比提高库多样性的比较数据。查看数据，显示KAPA HyperPrep Kit的复制率与专门为低输入应用设计的竞争对手套件的复制率相当。
图6。KAPA HyperPrep试剂盒可以改进由无细胞DNA制备的文库的测序指标。使用KAPA HyperPrep试剂盒或竞争对手的低投入文库构建试剂盒(蓝色)，从2 ng无细胞DNA制备的文库多样性和复制率。库是根据制造商的说明准备的。KAPA HyperPrep库使用一系列适配器:插入摩尔比制备，竞争试剂盒的适配器:插入比未知。测序(2 x 150 bp)在Illumina MiSeq上进行，并用Picard分析数据。
图7。KAPA HyperPrep试剂盒可以改进由无细胞DNA制备的文库的测序指标。使用KAPA HyperPrep试剂盒(绿色)或竞争对手的低投入文库构建试剂盒(红色)，从2 ng无细胞DNA制备的文库的多样性和复制率。库是根据制造商的说明准备的。KAPA HyperPrep库使用一系列适配器:插入摩尔比制备，竞争试剂盒的适配器:插入比未知。测序(2 x 150 bp)在Illumina MiSeq上进行，并用Picard分析数据。
*文件中的数据。
除非另有说明，所有图形数据均存档。
| 帽或盘的颜色 | 组件名称 | 包括在KAPA HyperPrep工具包 (07962312001;07962347001;07962363001) |
包含在 (07962339001;07962355001;07962371001) |
|---|---|---|---|
| 紫色的 | HyperPrep末端修复和a -尾酶 | 是的 | 是的 |
| 紫色的 | HyperPrep结束修复和a - tailbuffer | 是的 | 是的 |
| 黄色的 | HyperPrep DNA连接酶 | 是的 | 是的 |
| 黄色的 | HyperPrep连接缓冲区 | 是的 | 是的 |
| 绿色 | KAPA HiFi HotStart ReadyMix (2X) | 是的 | 没有 |
| 绿色 | KAPA文库扩增引物组合(10X) | 是的 | 没有 |
| 设备代码 | 罗氏的猫。没有 |
描述 |
试剂盒大小(反应) |
|---|---|---|---|
| KK8501 | 07962339001 |
KAPA HyperPrep Kit(无pcr) | 8 |
| KK8503 |
07962355001 |
KAPA HyperPrep Kit(无pcr) |
24 |
| KK8505 |
07962371001 |
KAPA HyperPrep Kit(无pcr) |
96 |
| KK8500 |
07962312001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
8 |
| KK8502 |
07962347001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
24 |
| KK8504 |
07962363001 |
KAPA HyperPrep工具包 |
96 |
所有KAPA适配器套件包含KAPA适配器稀释缓冲液和三个额外的密封膜，以支持多种用途。如果需要，KAPA适配器稀释缓冲液(08278539001)也可单独提供。
| 设备代码 | 罗氏的猫。没有 | 描述 | 包大小 |
|---|---|---|---|
| KK8007 | 08963835001 | KAPA超纯珠子(5 mL) | 5毫升 |
| KK8008 | 08963843001 | KAPA超纯珠子(30 mL) | 30毫升 |
| KK8009 | 08963851001 | KAPA超纯珠子(60 mL) | 60毫升 |
| KK8011 | 08963878001 | KAPA超纯珠(4 × 60 mL) | 4 x 60毫升 |
| KK8010 | 08963860001 | KAPA超纯珠子(450 mL) | 450毫升 |
| KK8727 | 08861919702 | KAPA唯一双索引适配器套件(15 μM) | 96个适配器x 20 μL每个 |
| KK8721 | 08278539001 | KAPA适配器稀释缓冲液(25ml) | 25毫升 |
KAPA HyperPrep Kit适用于Illumina平台的推荐应用程序是什么?
图书馆建设的主要步骤是什么?
图书馆建设过程中是否有安全的停歇点?
库的构建过程，从末端修复和a尾到最终的放大库，可以在不到3小时内完成，具体时间取决于经验和正在处理的样品数量。如有必要，该方案可在结扎后清理完成后，或在扩增后清理之前安全暂停。
在扩增、目标捕获和/或测序之前，纯化的、适配器连接的文库DNA可在2°C至8°C保存1 -2周，或在-15°C至-25°C保存≤1个月。为了避免降解，尽可能将DNA保存在缓冲溶液(10mm Tris-HCl, pH 8.0 - 8.5)中，并尽量减少冻融循环次数。
你的科瓦里斯剪切建议是什么?
我可以使用什么适配器与这个工具包，在什么浓度?
KAPA适配器推荐与KAPA HyperPrep套件一起使用。然而，该套件也兼容其他全长适配器设计，其中测序和簇生成序列都是在连接步骤中添加的，例如KAPA HyperCap和KAPA HyperPETE工作流中常规使用的那些，TruSeq (Illumina)和SureSelect XT2 (Agilent)套件，以及其他类似的库构建工作流。也可以使用具有类似设计并与dsDNA的“TA-ligation”兼容的自定义适配器，请记住，自定义适配器设计可能会影响库构建效率。
有关适配器兼容性和订购的帮助，请联系技术支持，获取用户提供的库扩增引物的配方指南。
连接效率是稳健的适配器-插入摩尔比从10:1到>200:1。下表给出了不同输入的推荐适配器浓度。请注意，较高的适配器-插入摩尔比有利于低输入和具有挑战性的样品。当优化DNA输入≤25 ng的工作流程时，建议评估两到三种适配器浓度。试试表中推荐的浓度，以及2 - 10倍范围内的1 - 2个额外浓度。
KAPA适配器可用于适当稀释的所有输入。有关适配器兼容性和订购的帮助，请访问sequencing.roche.com/support．
| 输入DNA | 适配器库存浓度 | 适配器:插入摩尔比 |
| 1μg | 15μM | 10:1 |
| 500 ng | 15μM | 20:1 |
| 250 ng | 15μM | 40:1 |
| 100 ng | 15μM | 100:1 |
| 50 ng | 15μM | 200:1 |
| 25 ng | 7.5μM | 200:1 |
| 10 ng | 3μM | 200:1 |
| 5 ng | 1.5μM | 200:1 |
| 2.5 ng | 750海里 | 200:1 |
| 1 ng | 300海里 | 200:1 |
我在哪里可以找到更多关于KAPA适配器的信息?
有关不同KAPA DNA和RNA文库制备试剂盒和输入的条形码序列、池化、试剂盒配置、配方和稀释的信息，请参阅KAPA适配器技术数据表。
对KAPA适配器进行什么QC测试?
KAPA适配器经过广泛的qPCR和基于测序的功能和QC测试，以确认:
在低输入库构建工作流中评估库构建效率和适配器二聚体的形成。在分析中达到的转化率表明了文库的建设效率。这是通过qPCR(使用KAPA文库定量试剂盒)测量适配器连接文库(在任何扩增之前)的产量来计算的，并将其表示为输入DNA的%。为了评估适配器-二聚体的形成，使用了一种改进的库构建协议，旨在以高灵敏度测量适配器二聚体。
通过测序评估条形码交叉污染。每个适配器使用标准库构造协议连接到一个已知序列的唯一合成插入。
应该使用多少循环的文库扩增?
如果循环完成(不推荐)，单个50µL KAPA HiFi文库扩增反应可产生8-10µg扩增文库。为了最大限度地减少过度扩增和相关的不需要的人工产物，扩增周期的数量应量身定制，以产生下游工艺所需的最佳扩增库数量。这通常在250ng - 1.5µg最终放大库的范围内。
在库放大之前对连接的库进行量化可以极大地促进库放大参数的优化，特别是在库构建工作流程首次建立或优化时。可用于文库扩增的模板DNA(适配器连接分子)的数量可以使用KAPA文库定量试剂盒确定。一个简单的算法可以随后用于理论上预测扩增周期的数量，以实现一个特定的产量的扩增库。一个计算器，可以用于目的，可从支持请求。
从不同数量的输入DNA制备的文库扩增周期的估计数量可以在KAPA HyperPrep技术数据表的最新版本中找到。实际的最佳扩增循环数可高或低1-3个循环，这取决于输入DNA的样本类型和大小分布。
图书馆是否需要放大?
如果在连接后清理后获得的连接库数量足以进行下一个过程(例如直接测序)，并且库分子包含该过程所需的所有连接基序，则可以省略文库扩增。这进一步简化了工作流程，并将整个库准备时间减少到2小时以内。KAPA HyperPrep试剂盒可实现高转换效率，可实现≥50 ng输入DNA的无pcr工作流程。KAPA HyperPrep试剂盒不含扩增试剂(07962339001,07962355001和07962371001)，可用于无pcr工作流程。
KAPA库扩增引物混合是否与所有Illumina库兼容?
KAPA HyperPrep试剂盒包含高度优化的文库扩增引物组合，旨在消除或延迟用KAPA HiFi DNA聚合酶进行文库扩增反应时引物的耗尽。该组合引物基于Illumina流动细胞P5和P7序列，适用于用全长适配器制备的文库扩增。用户提供的底漆混合物可与不完整或自定义适配器组合使用。请与我们联系，以获取用户提供的库扩增引物的配方指南。
KAPA HyperPrep试剂盒的保质期和推荐存储条件是什么?
本试剂盒中提供的酶对温度敏感，在运输和储存过程中应采取适当的小心。KAPA HyperPrep Kits是用干冰或冰袋运输的，具体取决于目的地国家。收到后，立即将酶和反应缓冲液保存在-15°C至-25°C的恒温冰箱中。当在这些条件下储存并正确处理时，试剂盒组件将保持完全活性，直到试剂盒标签上显示的有效期。
适配器结扎后需要进行多少次珠基清理?
新颖的单管KAPA HyperPrep化学导致较少的适配器二聚体形成和遗留。在适配器结扎后，单珠清理足以去除未使用的适配器和适配器二聚体，即使在高适配器:建议低输入应用的插入摩尔比。如果有必要，可以包括第二个连接后(或尺寸选择步骤)清理，以清除所有未使用的适配器和适配器二聚体的痕迹，特别是对于无pcr的工作流