DNA文库为DNA纳米球技术测序平台做准备

下一代测序(NGS)正在推进转化研究，增加我们对人类健康的理解，从提高诊断检测的准确性到癌症和传染病精准药物的开发。随着NGS临床应用需求的不断增长，新的测序技术和平台正在开发以跟上需求。其中一种新型测序技术平台是基于DNA纳米球(DNB)技术，该技术结合了单链环状(ssCir)文库构建、DNB生成和加载到图片化纳米阵列上，以及组合探针锚合成(cPAS)测序。¹

虽然与之前的测序技术相比，这项技术提供了强大的数据，快速的周转时间，降低了每个碱基的成本，但研究人员需要确保他们的DNA文库制备解决方案(可能来自第三方)与这些新平台兼容。通过广泛的评估，罗氏已经证明其DNA文库准备试剂盒可以在采用这种DNB技术的平台上生成高质量的全基因组测序(WGS)文库。²

DNB测序平台是短读测序技术的一种具有成本效益的替代方案，为研究人员提供了一种生成可靠数据的创新解决方案。^3.

双链DNA文库构建完成后，DNB测序技术的步骤包括:^{1、3 - 5}

1. 图书馆变性
2. 通过夹板低聚结扎单链环状
3. 核酸外切酶消化
4. 用Phi29 DNA聚合酶滚圈扩增(RCA)生成dnb
5. DNB加载到图形纳米阵列上
6. 注册会计师测序

研究人员已经证明，该技术可用于全基因组关联研究，并可用于识别在临床环境中很重要的罕见变异和体细胞突变。^3.

DNB平台与其他技术之间的比较研究表明，这些测序仪在WGS、单细胞RNA-seq和bulk RNA-seq中产生类似的高质量数据。^{6 - 8}

有几个优势DNB技术的应用:^{3、4、6 - 8}

• 错误率低
• 减少光学复制的风险
• 降低重复率
• 更短的测序时间
• 高基数调用精度
• 减少适配器的结转
• 忽略索引跳跃
• 以较低的成本/基数输出可比数据

虽然使用DNB有几个优点，但也有几个缺点：

• 更长的工作流程，直到排序就绪库
• 很少有第三方库准备解决方案
• 更短的读取长度
• 更多hands-on-time
• 多路复用需要复杂的适配器设置

罗氏开发了与DNB测序平台兼容的DNA文库准备试剂盒和辅助试剂，用于文库建设。²但是在使用这个工作流之前，研究人员需要考虑几个重要的参数。

选择合适的文库准备试剂盒:这将取决于使用机械剪切DNA或集成的低碱基酶裂解的偏好。

全基因组测序应用的尺寸选择:由于均匀的尺寸分布对DNB技术至关重要，因此尺寸选择至关重要，因此需要≥500 ng的高DNA输入，特别是在采用尺寸选择时。

罗氏的图书馆准备解决方案提供快速和高质量的图书馆建设，可以显著提高周转时间和成本效益。这些准备套件可以在不到3小时内构建库，比其他样品准备方法更快好处包括更低的重复率和更高的测序覆盖率，能够执行无pcr工作流程，并在许多第三方自动化平台上采用合格的自动化方法。⁹

罗氏用于文库建设的样本准备解决方案经过验证，简单而完整，帮助研究人员释放每个样本的潜力。